甲状腺功能减退的主要原因有自身免疫性疾病，如自身免疫性甲状腺炎，还有甲状腺的破坏，包括甲状腺手术或者治疗甲亢时服用放射碘治疗以后引起的甲减。碘过量摄入也可能会引起甲减。抗甲状腺药物应用过多也会引起甲减。还有一些其他原因，比如下丘脑垂体病变引起促甲状腺激素释放激素或者促甲状腺激素产生和分泌减少引起的甲减，这种甲减是中枢性的。