肛瘘手术后大便失禁的治疗方法有非手术治疗以及手术治疗，肛瘘手术后大便失禁，大多是由于手术时损伤过多的肛门括约肌所导致。大便失禁也分轻重，轻症的仅仅表现为气性或者液性的失禁，可以采取非手术治疗，患者需要注意饮食，避免刺激性食物，多吃纤维素含量丰富的食物，保持大便正常，避免腹泻以及便秘，可以口服一些补肾气的药物，平时加强肛门括约肌的锻炼。如果比较严重的大便失禁，比如成形的粪便也会失禁，无法控制，患者需要考虑手术治疗。