普通的超声检查是用超声探头在体表进行超声检查，但是腹部的胃肠道等空腔脏器一般有气体干扰，而且管壁较薄，体表超声不能获取较清晰的解剖层次与图像。普通内镜只能观察胃肠道黏膜的表面情况，对来源于黏膜下层，固有肌层甚至浆膜外脏器的病变无法观察。超声内镜结合了普通内镜和超声检查的优点，在内镜直接观察消化道黏膜的同时，可以探查消化道的解剖层次结构和毗邻脏器的超声影像，也可在超声引导下做消化道粘膜下肿物切除、细针穿刺、支架和引流管置入等微创手术。