消化不良的治疗包括改善生活方式和饮食结构，建议规律的饮食习惯，戒烟、戒酒，减少高脂类食物的摄入，生活规律，避免过度劳累。药物治疗主要是对症处理，如果症状表现为上腹隐痛，那么可以用一些抑酸药，比如H2受体拮抗剂或者质子泵抑制剂。如果是以餐后不适、腹胀为主要临床表现的，可以用一些促动力药，比如多潘立酮、莫沙必利等。
如果上述的方法都不见好，那也可以查一下幽门螺杆菌，如果幽门螺杆菌阳性的患者可以根除幽门螺杆菌，在部分患者中可能是有效的。对于一些上腹不适的患者加用胃黏膜保护剂，部分患者也可能会改善症状。除此以外，精神心理的治疗也是非常重要的，一些患者合并抑郁，那么在这种情况下抗抑郁治疗可能才能有效的缓解消化不良的症状。