没有所谓甲亢突眼的最佳恢复期，甲亢突眼既可以先出现，后出现甲亢，也有可能在甲亢病情治疗期间出现了眼睛逐渐突出，甲状腺相关眼病突眼，和遗传、吸烟、性别都有一定的关系。治疗并不能从病因上采取措施，往往是通过纠正甲状腺功能，让垂体和甲状腺之间互相协调，恢复眼睛的肌肉协调减轻突眼，改善保护视力。
治疗上最主要的是结合眼病的轻重程度和活动性来采取相应的治疗方法，轻度的首先要有局部保护，睡眠的时候不要枕头过低，以免加重水肿，另外外出的时候要戴墨镜，减少阳光暴露。如果眼睛干燥或不舒服，可以点人工泪液或眼药膏，晚上睡眠的时候眼睑闭合很困难，可以涂眼药膏，甚至戴眼罩，主要是为了保护角膜。
另外，吸烟有可能加重突眼，因此要强制性戒烟，远离二手烟，同时甲状腺功能亢进要有效的控制，如果是严重的中重度的突眼，和眼科医生进行配合，采取糖皮质激素治疗，或者使用眼眶的放射性治疗，甚至严重的眼睛视力有可能很快丧失，会采取手术的紧急治疗。甲状腺突眼，各种治疗并不能明显的改善所有患者的生活质量，因此预防甲亢突眼最重要。