男性泌尿生殖系支原体感染可引起尿道炎、前列腺炎、肾盂肾炎以及阴茎包皮病变，其中尿道炎主要表现为尿频、尿急、尿痛、尿道烧灼感及排尿困难、尿道分泌物增多、尿道外口红肿、沿尿道的压痛。如果感染向上蔓延可导致上尿路炎症，如肾小球肾炎、膀胱炎等。男性支原体感染还可以干扰精子的运动，导致精子畸形，破坏精子生成。不仅如此，支原体还继续感染男性的精道、精囊和睾丸，从而影响精子和精液的质量，引起不孕不育。另外男性支原体感染还可以破坏性敏感神经，从而导致性功能障碍。男性支原体感染会导致男性的性功能下降，由于病原微生物对生殖器官和性神经反应末梢的损害，使得男性的性神经对有效刺激不敏感，男性的性器官长期处于不应激，性欲减弱、反应减弱，可能会导致阳痿。