心脏神经官能症需要跟心绞痛和甲状腺功能亢进相鉴别。临床上心绞痛的患者年龄偏大，以中老年为主。心绞痛的发作是发作性的心前区疼痛，在客观检查方面，比如心电图和心脏超声都会有特异性的改变。
心脏神经官能症的患者，心电很少会出现异常，心脏器质性的检查基本都是正常范围内的。心脏神经官能症和甲状腺亢进的患者相鉴别，主要的鉴别点是甲状腺功能亢进的患者，除了心慌气短这些基础症状之外，还会有甲状腺的肿大、突眼、消瘦、食欲亢进的症状，心脏神经官能症的患者这样的症状很少出现。