糖原贮积病Ⅱ型主要是因为染色体上基因突变导致，是属于一种常染色体隐性遗传疾病，主要病因是GAA基因突变所致，好发于有遗传因素的人群。
基因突变：糖原贮积病Ⅱ型主要是因为位于17q23染色体上编码酸性α－葡糖苷酶(GAA)的基因发生突变，使溶酶体内GAA缺乏，致糖原不能转化为葡萄糖，从而在骨骼肌、心肌和平滑肌等组织细胞内大量沉积状。