遗传学认为唇腭裂属于多基因遗传性疾病。在直系或旁系亲属中，如果发现有唇腭裂的畸形发生那么其后代就有可能发生唇腭裂的几率比较高，但这个也不是决定因素。现在一般认为唇腭裂的发病机制病因不完全明了，可能是多种因素的影响作用。也就是说，唇腭裂的发生是和精子和卵子有一定的关系，但不是主要的因素。常常还有营养、感染、损伤、内分泌、药物、物理因素、烟酒等因素有关系。