肛周脓肿和肛瘘均属于肛周感染性疾病，有时候肛周脓肿和肛瘘密切相关，尤其是迁延不愈、反复发作的肛周脓肿，一定要考虑是否出现了肛瘘，对于肛周脓肿的治疗，只要形成脓肿，不管其发生原因是浅表的软组织感染还是由肛瘘造成的局部脓肿，都应进行脓肿的切开引流。这样才能减轻局部软组织感染症状，缓解发热、白细胞升高等全身反应。
如果诊断为肛漏，就要进行肛瘘的切开，这样使新生肉芽组织由内向外生成，才能使肛瘘彻底痊愈。如果肛周脓肿是表浅软组织的感染造成，一般切开引流手术以后的7-10天，伤口便可以愈合，甚至痊愈。如果是肛瘘，又分为高位肛瘘、低位肛瘘、复杂肛瘘和简单肛瘘，不同的瘘管情况，手术以后的愈合时间也有较大差别。一般来说，肛瘘在切开以后2-3周左右可以初步愈合，具体的愈合时间和治疗方法，要根据肛周脓肿和肛瘘的情况来具体决定。