免疫系统疾病非常多。免疫系统具有免疫监视、防御、调控的作用，如果免疫系统这三方面功能出现了问题，就可以出现免疫系统疾病。平时最常见的是过敏原因造成的免疫性损伤。由于接触了过敏原，激活了自身免疫系统，产生抗体，发生免疫，而造成发病。也可能是自身免疫性疾病，由于自身免疫系统出现了不能正确识别正常细胞的情况，所以会出现自身免疫损伤破坏性疾病，可以出现结缔组织病，例如类风湿关节炎，系统性红斑狼疮等，以及多发性硬化症，重症肌无力脱髓鞘病变，慢性甲状腺炎，溃疡性结肠炎、甲亢、甲减等。还有肺肾出血性综合征，自身免疫性的肾小球肾炎。血液系统中的自身免疫性溶血，特发性血小板减少性紫癜等免疫系统疾病。