十二指肠息肉的治疗主要分为内镜治疗和手术治疗，内镜治疗是指在胃镜下用电刀或者套扎的方法将息肉切除，这主要是针对息肉较小或者带蒂的息肉，切除的息肉送病理检查。
如果为良性，给予抑酸药物治疗后定期返院随访，一般半年左右查一次胃镜，防止再次生长。如果回报为恶性，就需要行手术治疗.
手术治疗是针对较大的息肉、基底较宽的息肉，或者胃镜活检为恶性的息肉，一般要切除部分肠管，必要时还要切除部分胰腺，行胰十二指肠根治术，具体需要根据病理分型和患者的身体状况等决定，恶性息肉手术后一般还要配合化疗，根据病情可能还需要靶向药物治疗等。