引起关节窝疼痛的原因如下：1，可能是由于腘绳肌的拉伤或者损伤，往往是在体育活动中拉伤到腘绳肌，会引起膝关节窝也就是膝关节后方出现疼痛。2，可能是腘窝有囊肿，那么腘窝囊肿逐渐发展，在囊肿较大的时候会对周围的血管神经或者软组织造成压迫，会感觉到膝关节窝处有胀痛疼痛，而且在行走后会很明显，休息后囊肿会变小，疼痛可缓解。