萎缩性毛周角化病根据不同疾病分类，其病因不同，但大多以遗传因素为主，部分疾病亚类其病因以及发病机制目前尚不清楚。
1、遗传因素：萎缩性毛周角化病中的面部萎缩性毛周角化病，以及脱发性毛周角化病目前已明确与遗传因素有关，前者为常染色体隐性遗传，后者可能为伴X染色体隐性遗传。
2、其他：萎缩性毛周角化病中的虫蚀状皮肤萎缩目前病因尚不清楚，其具体因素有待进一步研究。