脑干梗死有机会完全恢复，如果是轻微的脑干梗死，患者可能只是表现一侧肢体的无力、麻木，经过治疗以后患者可以完全的恢复，但是在恢复之后还要长期服用抗血小板药及他汀类药物，还要控制高血压等危险因素。
如果是比较重症的脑干梗死，面积比较大，影响到患者的意识和呼吸循环中枢，患者可能会出现严重的并发症，如肺部感染、泌尿系感染、褥疮，或者下肢深静脉血栓形成，这些并发症可以严重阻碍脑干梗死患者的恢复，因此要给予积极的治疗。脑干梗死有恢复的可能性，主要取决于梗死面积的大小和是否存在严重的并发症。