先天性胸骨旁疝的主要病因与先天发育不全、维生素A缺乏、基因缺陷有关。好发于胚胎时期受刺激者、先天发育不全者、有家族史者等人群。此外，妊娠期间服药、外伤、腹压升高都能诱发本病。
一、主要病因
1、先天发育不全：先天性胸骨旁疝的形成是膈肌先天性发育障碍所致，胚胎时期横中膈的胸骨后部分发育不全并胸骨和肋骨发育不全，形成胸骨旁裂孔。由于左侧有心包膈面相贴增强，故大多数胸骨旁疝出现在右侧。胸骨旁疝多有疝囊，常见的疝内容物为大网膜和横结肠，也可以是其他腹腔脏器，但很少大量脏器经胸骨旁裂孔入胸腔。
2、维生素A缺乏：膈肌在胚胎发育6~10周时发育，当孕妇体内缺乏维生素A时会影响膈肌的发育，形成先天性胸骨旁疝。
3、基因缺陷：先天性胸骨旁疝部分与遗传有关，多数患者会发现有基因缺陷而导致发育异常，但具体遗传机制尚不明确。多数患者伴有其他基因突变疾病或为近亲结婚所生儿童。
二、诱发因素
1、妊娠期间服药：在孕期服用抗惊厥药物、沙利度胺、别嘌呤醇等药物都能诱发先天性胸骨旁疝，与药物致畸性有关。
2、外伤：胸腹部外伤可导致膈肌发育不全或出现裂孔诱发先天性胸骨旁疝。
3、腹压升高：患有腹压升高性疾病，如腹部肿瘤、慢性咳嗽、便秘、肥胖等都能诱发先天性胸骨旁疝。