肠镜检查后主要注意并发症的发生，常见的并发症有肠穿孔、肠出血、肠系膜撕裂、心脑血管疾病等。
一、如果肠穿孔，病人出现剧烈的腹痛、腹胀及急性腹膜炎的体征如腹部压痛、反跳痛、腹部紧张，在X线透视下可发现有膈下游离气体，如果确诊应立即进行手术。
二、肠出血，主要是因为操作时损伤或者是活检过度、电凝止血不足等导致，应尽量避免。
三、肠系膜撕裂，主要是因为操作比较粗暴，这种情况比较少见，如果出血量少主要保守治疗为主，大量出血应该做剖腹探查。
四、心脑血管疾病，病人可能出现心脏骤停，应立即抢救。