狂犬疫苗注射三次和注射五次之间有差别，首先是接种时间的差别，三次法的接种时间是0、7、21天。五次法的接种时间是0、3、7、14、28天。其次是接种针次的区别，三次法总共接种四支疫苗，五次法总共是接种五支疫苗。
药物品牌的限制，目前我国只有部分疫苗可以按三次法接种，其他的疫苗都是按五次法接种。五次法疫苗不能按三次法接种，三次法疫苗可以按五次法接种。即使两种接种方法的疫苗在以上方面有区别，但是疗效都一致。