流行性乙型脑炎在进行控制传染源时主要是管控家畜。因为家畜是主要传染源，特别是未经历流行季节的幼猪，极易感染乙脑病毒而成为主要传染之一。
近年来用疫苗免疫幼猪，可减少猪群的病毒血症，从而控制乙脑病毒向人群的传播。另外应搞好家畜饲养场所的环境卫生，消除蚊虫滋生环境，人畜居地分开。及时隔离和治疗患者，患者隔离至体温正常。