慢性肾盂肾炎的并发症主要包括以下几方面：
1、肾脓肿，常有金黄色葡萄球菌经血行感染到达肾实质，形成肾皮质多发囊肿，而原发感染灶可以是皮肤疖、肿、痈、肺部感染、骨髓炎、扁桃体炎等，有时可由于脓肿破溃，穿破了肾被膜而形成肾周脓肿。
2、肾周围炎和肾周脓肿，肾周围炎是肾周围组织的化脓性炎症，常由肾盂、肾石感染波及或继发于肾外伤血肿、尿液外渗等引起。
3、肾积脓是肾脏感染后导致的广泛性炎性病变，往往继发于肾输尿管结石和梗阻，通常合并糖尿病以及长期使用激素和免疫抑制剂患者，发生率会更高。
4、慢性肾盂肾炎可能会导致肾小管性酸中毒和肾功能不全。