由于湄公血吸虫病的病因和发病机制已较明确，临床上主要是病因治疗和对症治疗。临床中主要遵循早期、及时、彻底、综合治疗原则，对患者进行疾病教育和药物治疗。
一、药物治疗
口服吡喹酮，吡喹酮的毒性小、疗效好、给药方便、适应症广，可用于各期各型血吸虫病患者，是目前用于治疗湄公血吸虫病最有效的药物。
二、手术治疗
该疾病一般无需手术治疗。
三、其他治疗
急性期湄公血吸虫病严重者给予补液、保证水和电解质平衡，加强营养及全身支持疗法。合并其他寄生虫者应先驱虫治疗，合并伤寒、败血症、脑膜炎者均应先抗感染，后用吡喹酮治疗。慢性和晚期患者除一般治疗外，应及时治疗并发症，改善体质，加强营养。肝脾肿大、上消化道出血等患者可选择适当时机考虑手术治疗。