小儿软骨外胚层发育不全综合征无有效治疗方法，骨骼畸形一般无法通过手术矫治，且随年龄增长症状逐渐加重。治疗目的在于减少并发症的发生，最大限度矫正肢体畸形，延长寿命。
一、一般治疗
1、小儿软骨外胚层发育不全综合征应保证患儿充足睡眠、作息规律。
2、在条件允许情况下，可进行适度锻炼，以散步、慢跑为主，但应避免患儿因无痛觉反复超生理负荷活动或受外伤而出现终身残疾与严重畸形。
二、药物治疗
1、生长激素：生长激素对部分病例有效，可以促进患儿生长发育、调节体内物质代谢。
2、抗生素：常用于治疗继发感染或预防感染等，抑制病原微生物生长和介质释放。常用药物有阿莫西林、阿奇霉素等。
3、免疫增强剂：目的是增强机体免疫功能、抗感染，常用药物为细胞因子等。
4、微生态制剂：目的是恢复机体肠道微生态平衡、重建肠道天然屏障等。常用药物为双歧杆菌、乳酸杆菌等。
三、手术治疗
1、四肢畸形矫正术：目的是尽量恢复手指、四肢的正常功能和形态。利于患儿可以生活自理，促进心理健康发展。
2、房间隔、室间隔修补术：目的是恢复正常心脏结构及血流，减轻患儿症状。该手术方法缺点为住院时间长、损伤大、并发症多。
四、心理治疗
注意对患者进行心理疏导，使其保持乐观的心态。