生殖器疱疹在临床上主要分为原发性、复发性和亚临床型三种类型，临床症状的轻重及复发频率，受病毒型别和宿主免疫状态等因素影响。
1、原发性生殖器疱疹：即首次感染HSV-1或HSV-2。潜伏期为2~14天，平均3~5天。皮损为簇集或散在的小水疱，2~4天后破溃形成糜烂或浅溃疡，随后结痂自愈，可自觉疼痛。常伴腹股沟淋巴结肿痛、发热、头痛、乏力等全身症状，病程一般为2~3周。
2、复发性生殖器疱疹：指原发性生殖器疱疹皮损消退后1~4个月内病情复发，皮损一般于原部位出现。皮损类似于原发性生殖器疱疹，但病情较轻，病程较短，发疹前常有前驱症状(如局部烧灼感、针刺感或感觉异常等)；病程一般为7~10天；可间隔2~3周或月余复发多次。男性同性恋者可累及肛门、直肠，表现为局部疼痛、便秘、里急后重、肛周溃疡等，乙状结肠镜检可见直肠下段黏膜充血、岀血和溃疡。
3、不典型和亚临床型生殖器疱疹：50%的HSV-1感染者和70%~80%的HSV-2感染者缺乏典型临床表现，是生殖器疱疹主要传染源。其不典型皮损可表现为生殖器部位的微小裂隙、溃疡等，易被忽略。