1、肝细胞核因子(HNF)-1α突变型：占总体的35％~40％，其特征是弥漫性脂肪变性和缺乏细胞学异常或炎性浸润。在核磁共振上，具有HNF-1α突变的肝腺瘤表现出中等程度的动脉增强，并未延伸到门静脉期。与家族肝腺瘤病相关，恶变风险要低于其他分子类型。
2、炎症型：炎症性肝腺瘤主要见于女性，占肝腺瘤的40％~55％。组织学外观的特征是炎性浸润，正弦波扩张，血管曲折和出血。核磁共振表现出强烈的动脉增强作用，持续进入门静脉期和延迟期。
3、β-catenin突变激活型：具有β-catenin激活的肝腺瘤的发生率低于其他亚型，占10％~18％，在男性中更为常见，与雄激素的使用相关，存在较为明显的细胞异型性与核异型性。
4、未分类型：不到10%，没有上述3中基因变异和组织学特征，目前尚无明显的发病诱因和临床特征性表现。