经颅多普勒超声和颈动脉彩超的区别，主要是检查部位和对象不同。经颅彩色多普勒超声是用来检查脑内血管，以脑内动脉为主。比如大脑中动脉，用来观察血管有无狭窄、闭塞，有无斑块形成以及血流速度有无增快或减慢。
还可以用来检测有没有微栓子，作为评价脑梗死危险因素的指标之一。颈部血管彩超主要包括颈部动脉、颈总动脉、颈内动脉、颈外动脉以及椎动脉等，其中颈总动脉和颈内动脉是检查的主体，其往往用来筛查有脑血管病危险因素的患者。
如果患者的颈部动脉狭窄率超过70%，就有支架植入的指征或者建议行颈动脉内膜剥脱术。彩超是无创首选的检查，之后可以进一步行数字减影血管造影或者CT血管成像等进一步明确诊断。