低位单纯性肛瘘主要的治疗方法就是手术治疗，也只有通过手术治疗才能完全治愈，而低位单纯性肛瘘手术方式也比较简单，目前在临床上最常用的手术方式就是肛瘘瘘管切开术或者肛瘘瘘管切除术，由于低位单纯性肛瘘将瘘管切开或者切除，对肛门扩约肌的损伤比较小，对肛门功能的影响也比较小，不会造成患者术后出现肛门失禁，所以建议患者及时手术治疗。