强直性脊柱炎与HLA-B27人体白细胞的抗原基因异常有一定关系，基因异常变化是强直性脊柱炎患者的病变部位出现免疫反应，使人体自身的免疫系统，将人体自身的组织结构识别成了侵犯人体的其他类型的病原体，从而使脊柱周围产生了明显的骨骼化，纤维化，逐渐发展成强直性脊柱炎。基因治疗指利用正常的基因导入人体异常基因的位置，从而产生治疗的作用，就目前的基因治疗技术来讲，还没有明确的能够治疗强直性脊柱炎的基因治疗方法，而且强直性脊柱炎的发病原因只是与HLA-B27白细胞抗原的基因异常有高度，密切的关系，但并不是基因异常的人就会出现强直性脊柱炎。所以基因治疗在强直性脊柱炎患者中并没有进行使用。