胃内隔膜的病因和发病机制极为复杂，至今未完全阐明。不同类型其病因不尽相同，即使在同一类型中也存在异质性，可能与遗传因素和先天发育不良有关。
1、胚胎发育早期原肠再通障碍：即Tandler假说，胃隔膜的发生与胚胎期原肠的再通有关。该假说认为，在胚胎6周后消化道上皮发生增殖，使管腔闭塞成实性索状体，然后该索状体内出现空泡化，继而空泡融合、管腔再通。如在发育过程中幽门部停止在实性索状体阶段，或该部空泡化不全，则形成胃隔膜。
2、内胚层局部组织过度增生：现在有人认为，在胃的发育过程中不存在Tandler增殖阶段，幽门隔膜的形成是由于局部内胚层组织过度增生的结果。
3、遗传因素：极少数人发病也有遗传倾向。