假单胞菌感染的病因是由假单胞菌导致的，假单胞菌为条件致病菌，完整皮肤是天然屏障，活力较高的毒素亦不能引起病变。
正常黏膜可分泌黏液，内含溶菌酶、乳铁蛋白，防御素等，后者可插入细菌细胞膜，使之破裂，导致细菌死亡。正常健康人血清中含有调理素及补体，可协助中性粒细胞、单核细胞、巨噬细胞吞噬及杀灭假单胞菌，故亦不易致病。
当宿主正常防御机制改变或损伤，如皮肤黏膜破损、留置导尿管、气管切开插管，或中性粒细胞缺乏、低蛋白血症、各种肿瘤患者、应用激素或抗菌药等免疫机制缺损患者，在医院环境中常可从细菌寄殖发展为感染。