巧克力囊肿复发率在20%左右，复发的概率还是比较高的。如果巧克力囊肿的患者在做完手术以后，没有给予仔细的干预和护理，很大的概率会导致复发。
引起巧克力囊肿疾病的原因，是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，做了手术以后也很难把具有活性的子宫内膜全部去除掉，所以会存在复发的可能。
做完手术以后最重要的是要做好护理的工作，防止出现感染，术后不能太早恢复性生活。在做完手术以后，应给予亮丙瑞林或达菲林等药物治疗3-6个月，月经第1天皮下注射，每月1次。
由于内异症的病因不清预防是有限的，但是防止经血逆流，避免多次宫腔手术操作是非常重要的。