患者行肛瘘手术后，一般1-2周就可以出院。对于低位肛瘘的患者，由于切口比较浅，也不需要进行挂线，所以出院时间在术后一周左右。对于一些高位肛瘘或者高位复杂性肛瘘，由于手术创面偏大，术中有可能进行挂线，而挂线脱落时间需要一周左右，所以住院时间偏长，有可能需要两周，严重的需要两周以上的时间。
肛瘘手术后出院时间并不固定，需要结合自身肛瘘的类型以及手术创伤的大小来判断。肛瘘患者即使出院后，也应该定时回院复诊以及换药，促进手术切口的愈合，防止假性愈合。