发热伴血小板减少综合征需要与原发性血小板减少、过敏性紫癜、血栓性血小板减少性紫癜等疾病鉴别。
1、原发性血小板减少症：可以出现皮肤黏膜出血、鼻出血、牙龈出血或者内脏器官出血，部分患者可能出现脑出血症状，通过患者临床症状及颅脑X线检查可鉴别。
2、过敏性紫癜：主要表现为皮肤黏膜红色或暗红色斑点，按压不退色、腹痛、关节痛、发热、日常活动受限等，血小板通常不减少，通过患者临床症状和血常规即可鉴别。
3、血栓性血小板减少性紫癜：皮肤黏膜出现斑点、鼻出血和视网膜出血，伴有黄疸、贫血和肾脏受损，部分患者出现头痛、视物模糊或者昏迷等。