乳腺叶状囊肉瘤的治疗方法主要是手术，手术治疗的方式有手术填充、手术切除等，对于乳腺叶状囊肿瘤一般采用手术切除的治疗方案。
手术切除常用于患者切除病变部位，能快速达到治疗效果，对良性肿瘤可行局部完整切除，对巨大肿瘤则宜行单纯乳房切除术。对恶性肿瘤应根据瘤体大小，与周围组织有无粘连及有无腋淋巴结转移等情况，决定是否行单纯乳房切除或标准乳癌根治术。
乳腺叶状囊肉瘤完全切除后，一般预后良好。若手术切除不彻底，局部亦可复发，而再次行广泛切除后仍可获得较好的效果。