一般胃酸过多的人、胃肠道手术后的病人、心内膜炎和重症胰腺炎患者，不宜多喝益生菌。最好是先咨询医生，再适当服用。另外，服用抗生素的人群不宜服用益生菌，因为抗生素会把益生菌杀死从而导致失效。如果患者正在服吸附类药物如蒙脱石散，也不宜服用益生菌。因为吸附类药物能够吸附肠道里的病毒、细菌和毒素，也会吸附益生菌，不利于益生菌在肠道中定殖扩散发挥作用。