有针对性的治疗结肠炎的消炎药物，常常选用的是喹诺酮类的消炎药，代表药品有诺氟沙星等，但是喹诺酮类的消炎药有些禁忌症，比如孕妇、儿童，都不可以使用喹诺酮类的消炎药，还有些老年人肝肾功能有损害，也在临床上不建议使用喹诺酮类的消炎药。
一般建议采用头孢三代的抗生素，比如头孢拉定等，能口服先行口服治疗，如果口服不可以才采取静脉注射等方式进行治疗。最后要强调一点的是如果结肠炎不是由于细菌感染引起，不建议使用消炎药进行治疗，要先明确病因，然后对症治疗。