牙龈肿痛的病因在临床上常见的有以下三种：
第一、智齿冠周炎，智齿萌出不全，表面牙龈覆盖，牙龈和智齿之间有间隙，容易有食物残渣或者脏东西残留导致冠周炎症。对智齿冠周炎局部用双氧水或者高锰酸钾水进行冲洗，在盲袋里涂抹碘甘油消炎，同时可以口服抗生素类药物，疼痛明显者还可以吃止痛药。
第二、引起牙龈肿痛的常见疾病是牙齿根尖周炎，也就是牙根发炎导致了牙齿根尖部位的脓肿或者感染，这种情况下需要去医院找牙医做牙齿开髓治疗，扩通根管进行脓肿的引流。如果根尖区脓肿比较明显，还要切开将脓液排出来，同时也要吃抗生素类药物。
第三、急性牙龈炎，是因为牙齿周围有牙石聚集，刺激牙龈组织产生的急性炎症。这种情况下要去除牙齿周围的牙结石，去除以后可以局部冲洗、上药、口服消炎药来缓解急性炎症，等急性炎症缓解了、肿痛症状减轻了再进行细致的牙周治疗。
治疗牙龈肿痛需要弄清病因，分别给予不同的治疗方法，得到的结果也就立竿见影了。