肛门不舒服常用的检查方法有：1、肛门指检是一种临床检查方法，是医生用一个手指头伸进患者的肛门，以检查疾病的一种简便易行的检查方法，许多肛管直肠疾患仅凭肛门指检即可早期发现。2、肛门镜是目前肛肠科常用的一种检查方式，因其操作简单，患者痛苦小，大多数肛门、直肠疾病都可以运用电子肛门镜进行精确检测，包括内痔、外痔、混合痔、肛裂、肛瘘、肛门脓肿、肛门瘙痒、直肠脱垂、直肠息肉等多种肛肠疾病。这两种方法都是痛苦较小的。