目前还没有治疗肠息肉的特效药物。国外有研究采用大剂量口服塞来昔布胶囊抑制家族性息肉病患者的息肉生长，但目前证据并不充分，而且如果息肉已经生长，并不能吃药让息肉消失。虽然没有特效药，但是因为肠息肉生长和肠道菌群失调有关系，所以也可以通过口服调整肠道的药物间接预防肠息肉的发生。对于存在腹泻症状的肠息肉患者，可以口服双歧杆菌三联活菌胶囊调整肠道菌群，以改善肠道微环境预防肠息肉复发。