治疗周期为4~6周左右。异物性食管穿孔的治疗措施取决于穿孔的部位，穿孔的大小及穿孔的时间。治疗分为一般治疗以及手术治疗。
一、一般治疗
1、颈部小的穿孔，如穿孔后食管瘘引起的症状轻，或穿孔已局限的病例，可采用停止吞咽，吸引咽分泌物，应用抗生素并静脉补液等治疗。穿孔较大或已形成食管周围脓肿者，可经左侧颈部入路性行手术治疗，引流脓液并修补裂口。
2、胸部食管穿孔的治疗原则为消除异物等污染源、有效引流、应用抗生素、营养支持。若发现及时，在插胃管持续吸引口咽分泌物，应用抗生素预防感染的同时，积极开胸行穿孔修补手术。术后继续持续吸引口咽分泌物，应用抗生素与支持治疗。
二、药物治疗
发生食管穿孔，有气肿或食管周围尚无脓肿形成时，先采用广谱抗生素及支持疗法。使用青霉素或头孢哌酮等广谱抗生素预防感染。
三、手术治疗
1、颈侧切开径路：临床上对于食管上段穿孔，特别是继发上纵隔感染或脓肿者采用颈侧切开径路，术中脓腔冲洗，术后导管持续负压引流，定时脓腔冲洗，效果甚佳。对于体质较弱、营养较差的患者必要时采取胃、空肠造瘘术，以补充足够的营养。
2、食管穿孔修补术：胸段食管穿孔，如纵隔胸膜已破，只要患者情况允许，应首选食管修补术。一般主张对发病24小时以内者作修补术。修补手术包括一期穿孔修补术、开胸引流术和胃、空肠造瘘术。胃、空肠造瘘术实为营养补给的手段。
3、食管重建术：食管外置或旷置的手术近年来已很少使用，对胸腔感染严重，全身情况差，无修补条件者，可行颈部食管外置、胸腔闭式引流加空肠造痿术，待病情好转后再行食管重建术。