细菌性痢疾最主要的治疗就是针对痢疾杆菌应用抗菌药物，首选喹诺酮类的药物，可以应用左氧氟沙星或者环丙沙星、诺氟沙星。如果不能服用喹诺酮类的药物，比如儿童也可以应用头孢类的药物，选择三代头孢效果比较好，可以口服头孢地尼、头孢克肟。对于比较严重的中毒性菌痢，患者不能够口服药物，可以应用静脉的药物，可以采用静脉的左氧氟沙星、环丙沙星，或者静脉的头孢三代药物。
除了抗菌药物以外，一还要采用对症的处理。如果患者有高热，可以应用常用的退热药物，比如对乙酰氨基酚或者布洛芬，但是要注意补液，因为对于肠道的疾病患者，因为吐泻相对来说比较多，在服用退热药要注意大汗的问题，所以要注意及时补液，补液也可以选择口服补液盐，可以补充液体，另外也可以补充电解质，防止电解质紊乱。如果严重的患者，有严重的毒痢，比如有感染中毒性休克，还要纠正休克。