由于化脓性葡萄膜炎的病因和发病机制不同，治疗方法不同。临床中主要遵循病因治疗、对症治疗。病原体未确定前使用广谱抗生素，病原菌确定后使用敏感抗生素，严重者可以考虑玻璃体切割手术。细菌性眼内炎多使用头孢霉素，特别是第三代头孢霉素。细菌感染控制后可以使用糖皮质激素。霉菌性眼内炎因为缺乏敏感药物，一般使用二性霉素和氟康唑。早发现、早干预、早治疗是关键。
一、药物治疗
1、抗生素药物：抗生素治疗是杀灭致病菌、控制感染的必要治疗方法，早期全身和局部足量使用抗生素是治疗的关键。根据药敏试验调整抗生素是基本要求。常用的是头孢他啶、万古霉素、氟喹诺酮类等。
2、糖皮质激素：具有抗炎和免疫作用，适用于细菌感染控制后或者有效足量抗生素应用的同时的短期冲击，有助于炎症吸收。如常用泼尼松。
3、抗真菌药物：真菌性眼内炎需要使用抗真菌药物，常用的是二性霉素、氟康唑、酮康唑等。禁忌真菌性眼内炎使用糖皮质激素，抗真菌药物毒副作用大，使用注意监测血常规、肝肾功能等。
二、手术治疗
对药物控制不良的化脓性葡萄膜炎患者需要尽快选择玻璃体手术切除感染的玻璃体组织，眼内灌注敏感的抗生素，有助于疾病恢复。