胃镜可以检查出萎缩性胃炎，在胃镜下萎缩性胃炎有特征性的表现，主要是胃黏膜红白相间、变薄，有的像颗粒样，还可以透见黏膜下的血管形成灰色的结节，用放大染色内镜也可以观察到腺体的萎缩，胃镜可以检查出萎缩性胃炎，要在有经验的内镜医生操作下做出诊断。
如果不能够明确，就可以在胃镜下取病理、取病检，取两块组织出来做病理的检查，病理的检查才可以100％诊断有萎缩性胃炎。胃镜也是可以诊断的，金标准就一定要在胃镜下取病检，来进一步证实。