先天性高胰岛素性低血糖血症的治疗包括药物治疗和外科手术治疗，治疗目标是将血糖维持在3.5mmol/L以上。对于餐后高胰岛素血症性低血糖，首先需调整饮食结构。
一、急症治疗
低血糖的紧急处置：通过口服糖类无法纠正低血糖，可即刻给予10％葡萄糖静脉输注，将血糖维持在3.5mmol/L以上。另外，肌内注射胰高糖素数分钟即可起效。
二、药物治疗
1、二氮嗪：为首选用药，有效标准为正常饮食患者过夜后或停止静脉补液至少5天后，仍能维持空腹和餐后血糖＞3.0mmol/L。二氮嗪的不良反应包括多毛、水钠潴留、低血压等，氢氯噻嗪则具有减少二氮嗪引起的水钠潴留作用。
2、生长抑素类似物：常见如奥曲肽，可与生长抑素受体结合，从而抑制胰腺内、外分泌功能，故可用于治疗先天性高胰岛素性低血糖血症。但由于易快速耐药，长期应用受限制，多用于二氮嗪治疗无效的患者，有效标准与二氮嗪相同。严重不良反应包括肝炎、坏死性小肠结肠炎和长QT综合征，常见的不良反应包括呕吐、腹泻、胆石症等。此外，长效的生长抑素类似物，如兰乐肽等也已应用于先天性高胰岛素性低血糖血症的治疗，并取得了一定效果。
3、胰高血糖素：胰高血糖素具有促进肝糖原分解作用，可有效拮抗胰岛素作用而升高血糖。但胰高血糖素作用时间短，需每日多次皮下注射，且药物极易形成结晶，存在皮肤坏死性红斑风险，无法长期应用；目前多用作低血糖时的短期用药。
4、KATP通道的低分子校正剂：磺脲类药物及卡马西平等，可诱导KATP通道在β细胞膜上的表达，可用来治疗因ATP敏感K离子通道数量减少而引起的先天性高胰岛素性低血糖血症。
5、GLP-1受体拮抗剂、mTOR拮抗剂等也被尝试应用于先天性高胰岛素性低血糖血症的治疗。
三、手术治疗
手术易造成胰腺内、外分泌功能障碍，应严格掌握手术适应症，可用于药物治疗无效、药物治疗依从性差者。
1、局部病灶切除：对于大多数局灶型先天性高胰岛素性低血糖血症患者，局部病灶切除可以实现病情缓解。
2、胰腺次全切除术：对于药物治疗无效的弥漫型先天性高胰岛素性低血糖血症患者，需行胰腺次全(95％～98％)切除术。有研究报道，约50％患者在术后仍有低血糖事件，或出现术后糖尿病、胰腺外分泌功能障碍。