肾囊肿不严重，不会发生癌变。肾囊肿是肾小管管壁囊状扩张或者微小突出所形成，单纯肾囊肿较小时不会有任何临床不适，不需要治疗，但需要定期监测囊肿大小变化。
肾囊肿较大时，一般直径超过5cm时可出现压迫肾脏组织的情况，此时需要治疗，常用的治疗方法为超声引导下肾囊肿穿刺，穿刺抽液后给予无水酒精、聚桂醇等注射，预防囊肿复发。
当肾囊肿与恶性肿瘤鉴别困难或者是特殊部位囊肿、囊肿较大时，通常需要手术治疗，常用腹腔镜手术。当囊肿有钙化或者结构不规整时，可能为囊性肿瘤病变，为避免误诊为囊肿需要进一步检查，排除肿瘤。