小儿完全性大动脉转位是一种严重的圆锥动脉干畸形，发病机制尚不清楚。研究表明孕期各种不良因素刺激以及遗传因素，对本病的发生起到促进作用，所以避免孕期接受不良因素刺激是小儿完全性大动脉转位的主要预防手段。
（1）妊娠早期积极预防风疹、流行性感冒、腮腺炎等病毒感染。
（2）妊娠早期避免接触放射线及有毒有害物质。
（3）妊娠早期在医生指导下用药，避免服用对胎儿发育有影响的药物，如抗癌药、抗癫痫药等。
（4）积极治疗原发病，如糖尿病等，注意膳食合理，避免营养缺乏。
（5）防止胎儿周围局部的机械性压迫。
（6）妊娠早期尽量别在电脑、微波炉等磁场强的地方坐太长时间。
（7）妊娠早期不要接触宠物。
（8）婚前要进行心脏彩色B超，根据自己心脏病的类型进行遗传咨询。