肺结核做核酸检测能查出来，主要是通过PCR或者核酸探针，检测特异性DNA片段进行检测，但临床上主要是通过痰涂片检测、痰培养，或者支气管镜检查等方法来诊断。痰结核涂片检测是简单、快速、易行、可靠的方法，目前推荐适用于痰检数量比较大的患者。痰涂片检测阳性，只能说明痰中含有抗酸杆菌，不能区分是结核分枝杆菌还是非结核分枝杆菌，这时要结合肺部影像学以及临床症状进行综合判断。
痰培养是非常准确可靠的方法，灵敏度高于痰涂片，常作为结核病诊断的金标准。同时也可以用于药物敏感测定和菌种鉴定，一般费时比较长，为2-8周。在临床上还可以做支气管镜检查，用于诊断支气管内膜结核和淋巴结支气管瘘的患者，可以在病灶处钳取活体组织进行病理学检测，或者结核分枝杆菌培养。对于肺内病灶也可以采集分泌物，或者冲洗液标本进行病原学检查。