婴幼儿期出现的乳糖不耐受，主要是由于乳糖酶分泌的缺乏，或者乳糖酶的不足所导致的。引起乳糖酶减少的原因主要有两类：
1、先天性的乳糖不耐受，主要是在新生儿期发病，属于遗传性的常染色体隐性遗传病，所以是先天性的乳糖酶的分泌缺乏。
2、继发性乳糖不耐受，主要是由于原来可以分泌乳糖酶，但是常常继发于比如慢性腹泻，如果小婴儿慢性腹泻的时间超过两周，都会影响到肠黏膜的绒毛的作用，受损以后就不能够很好的分泌乳糖酶，而导致继发性的乳糖不耐受。