小儿感染性心内膜炎抗感染疗程是比较长的，一般需要做致病菌培养和药物敏感度检测，有时还需要监测多次，以寻找最佳用药方案。选择敏感的抗生素，4~6周为一个疗程。如果是血培养阴性，也可选择青霉素和氨基糖甙类药物治疗两个星期。如果是复发型的小儿感染性心内膜炎，也可以按照上述要求治疗，但是治疗的疗程会更长。