早晨起来腰疼最常见的原因有如下几点：第一、前一天运动量剧烈后乳酸堆积所导致的肌肉疼痛。第二、因运动方式方法不得当而导致的局部腰扭伤，或腰部外伤。第三、腰椎间盘突出症导致的疼痛。第四、肾结石等疾病导致的疼痛。第五、女性痛经也会晨起腰痛。第六、女性如一些妇科炎症，如盆腔炎等，也会导致晨起疼痛。因经过一夜的睡眠后，肌肉得到充分放松而体内乳酸完全释放，所以运动后的疼痛常见早晨起来发作明显。另外晨起时痛觉神经元相较夜间敏锐，所以如痛经、结石痛、腰椎间盘疼痛等也都会晨起相对明显。