疟疾的主要症状为突发性寒战、高热、大量出汗，伴头痛、全身酸痛、乏力。间日疟、三日疟早期，患者的间歇期可不规则，但经数次发作后逐渐变得规则，恶性虐的发热无明显规律性。典型的疟疾可以分为潜伏期、寒战期、发热期、出汗期，共四个期。
疟疾除了典型症状外，通常伴有咳嗽、胸部和腹部的疼痛、厌食、呕吐，以及不适感加剧。在儿童中，疟疾可以表现为嗜睡、营养不良和咳嗽。发展到严重疟疾时，通常可伴有以下一种或多种症状，如昏迷、代谢性酸中毒、严重贫血、低血糖、急性肾功能衰竭或急性肺水肿等。